Γεννήθηκε το 1522 σε πoλυτελέστατο σπίτι που σήμερα θεωρείται το παλαιότερο της Αθήνας.Έλαβε τη καλύτερη μόρφωση για τα δεδομένα της εποχής.
Στα 14 της την ανάγκασαν να παντρευτεί, για να την γλιτώσουν από τους Τούρκους, που έπαιρναν τις παρθένες σκλάβες στα χαρέμια τους. Ο σύζυγὀς της σύντομα πέθανε και η 17χρονη χήρα ήταν περιζήτητη νύφη. Δεν ήθελε να ξαναπαντρευτεί. Έχτισε ένα μοναστήρι και έγινε μοναχή με το όνομα Φιλοθέη. Στο μοναστήρι την ακολούθησαν αρχικά, οι υπηρέτριες που είχε στο πατρικό της και πολύ σύντομα, περίπου 150 κοπέλες. Παράλληλα με τη δράση στο μοναστήρι, η Φιλοθέη έκανε συνεχώς φιλανθρωπίες, ενώ ίδρυσε σχολεία, νοσοκομεία, ξενοδοχεία και ορφανοτροφεία.
Η Αγία Φιλοθέη η Αθηναία (τιμάται 19 Φεβρουαρίου) εξόργισε τους Τούρκους και μαρτύρησε (1588), διότι άνοιξε σχολείο ελληνικό!.
Το Λείψανο της Αγίας (πλήν της Κάρας, η οποία έχει χαθεί) βρίσκεται αδιάφθορο στον Μητροπολιτικό Ναό των Αθηνών.