Γεννήθηκε το 1522 σε πoλυτελέστατο σπίτι που σήμερα θεωρείται το παλαιότερο της Αθήνας. Καταγόταν από την αρχοντική οικογένεια των Μπενιζέλων. Έλαβε τη καλύτερη μόρφωση για τα δεδομένα της εποχής.
Στα 14 της την ανάγκασαν να παντρευτεί, παρά τη θέλησή της, για να την γλιτώσουν από τους Τούρκους, που έπαιρναν τις παρθένες σκλάβες στα χαρέμια τους.
Ο σύζυγὀς της σύντομα πέθανεκαι η 17χρονη χήρα ήταν περιζήτητη νύφη. Δεν ήθελε να ξαναπαντρευτεί. Όταν έφυγαν και οι γονείς της από τη ζωή, μετά από ένα όραμα με τον Άγιο Ανδρέα, έχτισε ένα μοναστήρι με ένα εκκλησάκι στο όνομά του. Είναι το εκκλησάκι που σήμερα βρίσκεται δίπλα στο Μέγαρο της Αρχιεπισκοπής. Ταυτόχρονα με την ανέγερση της μονής, έγινε μοναχή με το όνομα Φιλοθέη. Στο μοναστήρι την ακολούθησαν αρχικά, οι υπηρέτριες που είχε στο πατρικό της και πολύ σύντομα, περίπου 150 κοπέλες. Παράλληλα με τη δράση στο μοναστήρι, η Φιλοθέη έκανε συνεχώς φιλανθρωπίες, ενώ ίδρυσε σχολεία, νοσοκομεία, ξενοδοχεία και ορφανοτροφεία.
Πέθανε το 1588 από τα βασανιστήρια των Τούρκων.
Ιερά Λείψανα: Το Λείψανο της Αγίας (πλήν της Κάρας, η οποία έχει χαθεί) βρίσκεται αδιάφθορο στον Μητροπολιτικό Ναό των Αθηνών.